Die Arbeitsgruppe "Ökochemie" untersucht das Verhalten von Pflanzenschutzmitteln, Düngern und Schwermetallen in Boden, Wasser, Pflanze und Luft und konzipiert Untersuchungsmöglichkeiten, um deren Umweltverhalten realistisch zu erfassen
Die Arbeitsgruppe "Angewandte Standortökologie" erforscht die Auswirkungen von Pflanzenschutzmitteln auf Flora und Fauna und arbeitet an der Entwicklung von verbesserten Methoden, diese Auswirkungen festzustellen und zu bewerten. Ein weiterer Arbeitsschwerpunkt ist die Analyse der Wechselwirkungen zwischen natürlichen Standortfaktoren, der Landbewirtschaftung und der Kulturpflanze.
Die Arbeitsgruppe "Stoffstrommanagement" forscht und entwickelt im Bereich der Abwässer und anderer Produktionsrückstände in Sonderkulturen sowohl an Vermeidungsstrategien als auch im Hinblick auf die Nutzung organischer Abfälle als Energieträger
Die Arbeitsgruppe "Umweltinformationssysteme" führt unter Nutzung digitaler Datenbanken Umwelt- und Situationsanalysen durch, die wegweisend sind für eine regionalisierte Beratung, für die Beurteilung der in der Landbewirtschaftung eingesetzten Stoffe sowie zu Planungszwecken auf verschiedenen politischen Ebenen
Die Projektgruppe "Innovative Pflanzenschutzsysteme" entwickelt Applikationstechniken für die Ausbringung von Pflanzenschutzmitteln, die den notwendigen Mitteleinsatz reduzieren, die Effizienz steigern und die Umwelt entlasten
Die Arbeitsgruppe "Umwelt- und Verbraucherschutz" arbeitet an Konzeptionen, um den betrieblichen Aufwand für den Schutz der Umwelt dem Endverbraucher transparent zu machen.
Die Kooperationspartner des Instituts für Agrarökologie sind Behörden, Verbände, öffentliche Geldgeber sowie die Industrie.