Molekulare Marker

Mikrosatelliten Marker (SSR)

Mikrosatelliten oder Simple Sequence Repeats (SSR) sind eine relativ neue Klasse von DNA Markern, basierend auf kurzen Strecken von wiederholten aufeinanderfolgenden Sequenzmotiven, die gleichmäßig über das ganze Genom von Eukaryoten verteilt sind. Aufgrund der hohen Variation in der Anzahl der Sequenzwiederholungen ist der durch SSRs erzeugte Polymorphismus-Level hoch. Darüber hinaus sind SSRs einfach mit Hilfe von PCR zu analysieren, indem man Primer nutzt, die homolog zu den die Sequenzwiederholungen flankierenden Regionen sind. Alle diese Eigenschaften machen Mikrosatelliten zu brauchbaren Markern für verschiedene Anwendungen der genetischen Analyse

Voraussetzung für die Entwicklung der Mikrosatelliten-Marker (SSR) ist die Kenntnis von DNA-Sequenzen der Pflanzenart bzw. Gattung, die bearbeitet werden soll. In öffentlichen Datenbanken stehen derzeit keine ausreichenden Sequenzinformationen von Zierpflanzen zur Verfügung, um dort nach Mikrosatelliten-Marker suchen zu können; deshalb muß eine eigene genomische DNA-Bibliothek aufgebaut werden. Um die Größe der Bibliothek in Grenzen zu halten, wird eine Bibliothek mit SSR-angereicherten Fragmenten erstellt. Mit Hilfe dieser DNA-Bibliothek können nach Sequenzierung der Klone, Primer für die flankierenden Regionen der Mikrosatelliten gefunden werden.

Im Rahmen des ProInno Kooperationsprojektes werden Osteospermum und Dimorphotheca Sorten bearbeitet, für die es nahezu keine Sequenzinformation in den Datenbanken gibt. Mit der Methode der SSR-angereicherten DNA-Bibliothek ist es uns aber möglich für diese Sorten Mikrosatelliten zu entwickeln. Für die Erstellung der DNA-Bibliothek wurde Orange Symphony als Referenzsorte ausgesucht. Bisher konnten 26 Mikrosatellitensequenzen gefunden werden, die mit den entsprechenden Primern als Marker dienen, und uns somit eine Unterscheidung der einzelnen Osteospermum Sorten ermöglichen.

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